假设目标公司为一个制造业企业，由另一家国内企业全资控股，公司的资产主要是厂房和若干机器设备，并拥有一项独创的专利，该专利是其赢利的重要保证。现有投资人打算并购该企业，可以选择采取股权并购或资产并购，但总的交易价格相同，均为1亿元。已知目标公司的注册资本为5000万元，厂房的评估价值为3000万元，其中土地价值2000万元，地上建筑价值1000万元。机器设备和专利的评估价值分别为2000万元和5000万元。公司当初购买土地支付的地价款和有关费用合计1000万元，厂房由目标公司直接委托施工单位建设，截至并购日，厂房连同其土地的折余价值为2000万元。机器设备于2008年12月31日前购置，原购置价格为4000万元，截至并购日，折余价值为2000万元。目标公司位于扩大增值税抵扣范围的试点地区之外，假设并购发生在2009年1月1日以后，并购发生时目标公司无未分配利润和盈余公积。下面分别计算股权并购和资产并购时的税负：
1、股权并购
如果投资人以1亿元的价格从原股东处受让股权，则双方各自缴纳的印花税分别为5万元（1亿元×0.5‰＝5万元）元，原股东应当缴纳企业所得税1250万元〔(1亿元-5000万元-5万元)×25%＝1248.75万元〕。因此，股权并购双方的总税负为1258.75万元。
2、资产并购
如果投资人分别按照3000万元、2000万元和5000万元的价格购买目标公司的厂房、机器设备和专利，则税负如下：
（1）营业税：转让厂房和专利时，目标公司应当缴纳营业税，金额为400万元（3000万元×5%+5000万元×5%＝400万元）；
（2）增值税：转让机器设备时，目标公司应缴纳增值税，金额为38.46万元（2000万元/(1+4%)×4%×50%＝38.46万元①）；
（3）土地增值税：转让厂房时，目标公司应缴纳土地增值税，金额为250.05万元（(3000万元-1000万元②-1000万元③-150万元④-15万元⑤-1.5万元⑥)×30%＝250.05万元）；
（4）城建税和教育费附加：目标公司缴纳营业税和增值税时，需要同时缴纳城建税和教育费附加，金额为43.85万元（(400万元+38.46万元)×(7%⑦+3%)＝43.85万元）；
（5）印花税：双方应当就厂房、机器设备和专利买卖合同分别缴纳印花税，总金额为10万元〔(3000万元+2000万元+5000万元)×0.5‰×2＝10万元〕；
（6）企业所得税：假设目标公司在资产并购发生时不处于减免税期，也不存在亏损，因此需要就资产转让全部所得缴纳企业所得税，金额为628.16万元（(3000万元-2000万元+(5000万元-500万元)×50%⑧-400万元-38.46万元⑨-250.05万元-43.85万元-5万元)×25%＝628.16万元⑩）；
（7）契税：转让厂房时，受让方应当缴纳契税，金额为90万元（3000万元×3%
＝90万元）。
综上，资产并购双方的总税负为1460.52万元，高于股权并购的总税负。尽管如上述例子所显示的那样，很多时候股权并购的税负的确要小于资产并购，但也不尽然。例如，如果我们将前面假设的所有数据都缩小到原来的1/10，我们就会发现，股权并购和资产并购下，双方的税负分别为125.88万元（124.88万元+1万元＝125.88万元）和89.81万（40万元+3.85万元+25.01万元+9万元+4.39万元+1万元+6.56万＝89.81万元），股权并购的税负高于资产并购，具体计算不再详述。