（二）企业合并的特殊性税务处理
1. 特殊性税务处理的条件
根据财税[2009]59号文件规定，当合并同时符合下列条件时，交易各方都适用特殊性税务处理方法：
（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
（2）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。
（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
（4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定的比例。
（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
其中，第四条“重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定的比例”对于企业合并来说，是指企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。这里所指的“不需要支付对价”，我们认为是不需要支付非股权对价，也就是说，进行同一控制下的企业合并股权支付比例是100%。
值得注意的是特殊性税务处理不是必须的，也就是说，当满足适用特殊性税务处理的条件并履行相关备案手续时，交易各企业可以选择都使用特殊性税务处理，或者都选择使用一般性税务处理。
2. 特殊性税务处理的涉税事项分析
下面对适用特殊性税务处理方法的交易各方的涉税事项进行分析：
（1）被合并企业的税务处理。被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。被合并企业对股权支付对应的资产暂不确认资产转让所得或损失，而非股权支付对应的资产应确认资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
（2）被合并企业原股东的税务处理。如果被合并企业原股东为法人股东时，法人股东对股权支付对应的资产暂不确认资产转让所得或损失，而非股权支付对应的资产应确认资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础，计算公式为：非股权支付对应的资产转让所得或损失=（被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）；法人股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。如果被合并企业原股东为自然人股东时，依据税法规定，自然人就投资转让所得应纳个人所得税=（转让收入-股权成本）×个人所得税税率。
（3）合并企业的税务处理。合并企业对交易中股权支付暂不确认转让所得或损失，其非股权支付中的非货币性资产应按公允价值与计税基础的差额确认资产转让所得或损失。合并企业接受的资产和负债的计税基础以被合并企业的原有计税基础确定。被合并企业的亏损可以结转至合并企业弥补，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
另外，在企业吸收合并中，合并后的存续企业性质及税收优惠的条件未发生改变的，可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前一年的应纳税所得额（亏损计为零）计算。
（文章来源：重光律师事务所）